超声波粉碎仪使用前要将超声变幅杆插入样品后才能开机，不可以空载操作。
超声波粉碎仪的超声参数设置：设置键好仪器工作参数，对于对温度要求比较敏感的样品一般外面采用冰浴，实际温度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不会变性。
1、时间：超声时间每次不要超过5秒，超声波破碎机间隙时间应大于或等于超声时间，以便于热量散发。时间设定应以超声时间短，超声次数多原则，可延长超声机子以及探头的寿命；
2、超声功率：不宜太大，以免样品飞溅或起泡沫，如小于10ml样品容量，功率应在200w以内,选用2mm超声探头，另将面板后面的变幅杆选择开关打到相应挡；10-200ml样品容量的功率在200－400w，选用6mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡；200ml以上的样品容量功率在300-600w之间，选用10mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡；
3、超声波粉碎仪的容器：多少样品就选多大的烧杯，这样有利样品在超声中对流，提高破碎效率。
4、为了预防冰浴融化后液面下降导致空载，样品需放在1.5ml的EP管里切记要将EP管固定好。
5、超声探头（变幅杆）超声波破碎机插入水的深度在1.5cm左右，液面高度在30mm以上，探头要居中，不可以贴壁。超声波是垂直纵波，插入太深不容易形成对流，会直接影响破碎效率。
